Cechą wyróżniającą doktrynę Kościoła palmariańskiego jest wielka liczba różnych definicji dogmatycznych, które dotyczą także tysięcy różnych drobnych kwestii, traktowanych mimo to jako prawda objawiona przez Boga. Setki zdarzeń z historii biblijnej, dziejów Starego i Nowego Testamentu, życiorysy osób, liczne daty i okoliczności zadekretowano z „powagą nieomylną” w najdrobniejszych szczegółach. Dogmatów ogłoszonych przez Grzegorza XVII i Sobór Palmariański są tysiące, a podobnie znaczną liczbę osób uznano za święte. Tekst wyznania „wiary palmariańskiej” liczy 31 stron ciągłego tekstu doktrynalnego. Wszystkie fascykuły (tomy) soborowe zostały opatrzone oficjalną aprobatą Grzegorza XVII, poszczególne zdania są traktowane jako dogmaty, a wierni zaprzeczający jakiemukolwiek zdaniu są obciążeni anatemą przełożonego wspólnoty. Ten formalny aspekt – wielka rozległość doktryny – jest szczególnie uderzający.
Od strony treści nauka ruchu palmariańskiego składa się z trzech głównych elementów. Po pierwsze palmarianie, odrzucając katolicyzm soborowy i posoborowy, przejęli dorobek doktryny Kościoła rzymskokatolickiego z okresu poprzedzającego II Sobór Watykański, dokonując w nim jednak pewnych – także poważnych – zmian. Po drugie zdogmatyzowano cały szereg treści podawanych przez znanych w teologii katolickiej wizjonerów, których wypowiedzi były jednak w Kościele rzymskim traktowane jako objawienia prywatne, bez powagi doktrynalnej i nie zobowiązujące dla całego Kościoła. Należą tutaj przede wszystkim Anna Katarzyna Emmerich (1774-1824) i Maria od Jezusa z Agredy (1602-1665), kanonizowane przez ruch El Palmar. Palmarianie w swoisty sposób dokonali interpretacji tych tekstów. Po trzecie doktryna palmariańska zawiera poglądy głoszone przez Grzegorza XVII na mocy objawień jakie ma on otrzymywać od wielu już lat dla „odnowienia Kościoła”. Te trzy elementy stanowią o dość wyjątkowej syntezie idei ciągłości i idei zmiany w doktrynie palmariańskiej. Radykalna odmienność wobec doktryny rzymskokatolickiej nauczanej w okresie przedsoborowym (poprzedzającym II Sobór Watykański) w wielu aspektach nauki El Palmar nie pozwala zakwalifikować tego ruchu nawet do szeroko pojętego tradycjonalizmu rzymskokatolickiego, zaś duży nacisk położony na tradycję religijną (po części rzymskokatolicką, a po części własną) wyklucza potraktowanie wyznania palmariańskiego jako nurtu protestanckiego, czy nawet starokatolickiego. Mamy tutaj raczej do czynienia z nowym ruchem religijnym, który uważa się za kontynuatora swoiście pojmowanej „doktryny katolickiej”, której suwerennym interpretatorem ma być Grzegorz XVII, uważany w Palmar za papieża: „najwyższego kapłana jedynej prawdziwej religii” i Wielkiego Proroka z woli Bożej.
Najwięcej materiałów doktrynalnych wspólnoty znajdujemy na kartach Soboru Palmariańskiego, który jest traktatem opisującym dzieje biblijne i różne kwestie doktrynalne. Streszczeniem nauki soborowej jest Palmariańskie Credo. Z ogromnej liczby uchwalonych zasad przytoczymy szereg charakterystycznych poglądów dla ruchu palmariańskiego. Skoncentrujemy się na nowych elementach tego nauczania. Przyjmując katolicką naukę o Wcieleniu Słowa Bożego – Chrystusa i Jego narodzeniu z Dziewicy Maryi palmarianie (wbrew nauce katolickiej) wprowadzili koncepcję odwiecznego stworzenia dwóch dusz – duszy ludzkiej Chrystusa i duszy Maryi Panny. Jest to zarazem jeden z elementów swoistej maryjności wyznania. Grzegorz XVII ogłosił tzw. Dogmaty Mariańskie i Maryja jest uznawana m. in. za Współodkupicielkę i Pośredniczkę Wszystkich Łask, podobnie jak w rzymskokatolickiej teologii przedsoborowej, ale nauka ta została w El Palmar zdogmatyzowana. W wielu aspektach mariologia palmariańska różni się jednak od nauki rzymskokatolickiej. W szczególny sposób rozwijana jest nauka o ofierze Maryi złożonej wraz z ofiarą krzyżową Chrystusa. Swoiste powiązanie nauki o Maryi z nauką o Chrystusie znajduje swój wyraz także w teologii Eucharystii. Z powodu wyjątkowego przedkładania aspektu cudowności nad wszelkie naturalne prawa przyrody niektóre aspekty doktryny palmariańskiej są szokujące, szczególnie, gdy czytamy, np. że „tunika dziana, to znaczy nie szyta, jak i inna odzież włącznie z sandałami, które Boska Maria wykonała i okryła nimi Ciało jej Boskiego Syna, kiedy miał jeden rok, wzrastały z jego postacią (sic! – M. K.)”.
