Liturgia palmariańska wywodzi się z przedsoborowej liturgii rzymskokatolickiej, ale została poddana dość daleko idącej reformie przez Grzegorza XVII. Różne zagadnienia doktrynalne dotyczące liturgii zostały określone na Soborze Palmariańskim. Przywódca wspólnoty odrzucił reformę liturgiczną wprowadzoną przez papieża Pawła VI, którego sam kanonizował, ale uznał go za „męczennika Watykanu”, opanowanego przez wrogów działających wbrew jego woli. Zdaniem zwierzchnika grupy palmariańskiej masoneria potajemnie podając Pawłowi VI narkotyki zmusiła go do postępowania w myśl swych zasad i wedle tajnych decyzji lóż. Z tego powodu palmarianie odrzucając reformy Pawła VI i Sobór Watykański II nie potępiają samego Pawła VI. Grzegorz XVII uważa bowiem, reformy dokonały się wbrew jego woli prawdziwego Pawła VI. Kanonizowany został także Jan XXIII, który zwołał II Sobór Watykański. Papież Jan Paweł II był w El Palmar traktowany jako „antypapież” i zwierzchnik „apostatycznego Kościoła rzymskiego”.
Liturgia palmariańska jest sprawowana w języku łacińskim, a w życiu zakonnym (wszyscy duchowni są członkami zakonu palmariańskiego) używany jest język hiszpański, co wskazuje, że większość duchowieństwa koncentruje się na terenie macierzystego kraju Grzegorza XVII. Surowa doktryna palmariańska zakazuje wiernym palmarianom wchodzić do świątyń rzymskokatolickich pod karą ekskomuniki. W imię unifikacji liturgii przełożony ogłosił w 1983 r. Konstytucję, w której głosi, że znosi się wszystkie ryty, poza rytem palmariańskim. Msza palmariańska jest złożona z czterech skróconych Mszy powstałych z Mszy tzw. trydenckiej (tzw. liturgia św. Piusa V). Rozpoczyna się od wezwania wiernych do modlitwy (Orate Fratres), następnie odprawiane jest Ofiarowanie, Konsekracja, Komunia i Błogosławieństwo celebrującego kapłana. Przed i po każdej z tych czterech Mszy, składających się na Mszę palmariańską, kapłan obmywa ręce (Lavabo). Każdy duchowny odprawia codziennie co najmniej dwukrotnie tak ułożoną Mszę. Wierni mogą w jej trakcie kilkakrotnie przyjmować Komunię pod postacią chleba .